Next.js とか使ってると、 tsconfig.json を良い感じに設定してくれてて、実質ルートディレクトリからの相対パスでモジュールをインポートできて便利です。
ただ、 ts-node で実行しようとするとコケるので、コケないようにするやり方。
といっても方法は簡単で、プラグイン入れて設定するだけ:
$ yarn add tsconfig-paths --dev
で、下のように実行してあげる:
$ yarn run ts-node --require tsconfig-paths/register ./src/main.ts
簡単。おしまい。